غیبت امام مهدى به دو دوره تقسیم مى‏شود: «غیبت صغرى‏» و «غیبت كبرى‏» . غیبت صغرى از سال 260 هجرى (سال شهادت امام یازدهم) تا سال 329 (سال در گذشت آخرین نایب خاص امام) یعنى حدود 69 سال بود. در دوران غیبت صغرى، ارتباط شیعیان با امام بكلى قطع نبود و آنان، به گونه‏اى خاص و محدود، با امام ارتباط داشتند. در طول این مدت، افراد مشخصى به عنوان «نایب خاص‏» با حضرت در تماس بودند و شیعیان مى‏توانستند به وسیله آنان مسائل و مشكلات خویش را به عرض امام برسانند و توسط آنان پاسخ دریافت دارند و حتى گاه به دیدار امام نائل شوند. از اینرو مى‏توان گفت در این مدت، امام، هم غایب بود و هم نبود. این دوره را مى‏توان دوران آماده سازى شیعیان براى غیبت كبرى دانست كه ‏طى آن، ارتباط شیعیان با امام، حتى در همین حد نیز قطع شد و مسلمانان موظف شدند در امور خود به نایبان عام آن حضرت، یعنى فقهاى واجد شرائط و آشنایان به احكام اسلام، رجوع کنند.

شكى نیست كه رهبرى پیشوایان الهى به منظور هدایت مردم به سر منزل كمال مطلوب است و این امر در صورتى میسر است كه آنها آمادگى بهره بردارى از این هدایت الهى را داشته باشند. اگر چنین زمینه مساعدى در مردم وجود نداشته باشد، حضور پیشوایان آسمانى در بین مردم ثمرى نخواهد داشت. متاسفانه فشارها و تضییقاتى كه بویژه از زمان امام جواد-علیه السلام-به بعد بر امامان وارد شد، و محدودیت هاى فوق العاده‏اى كه برقرار گردید-به طورى كه فعالیتهاى امام یازدهم و دوازدهم را به حداقل رسانید-نشان داد كه زمینه ‏مساعد جهت‏ بهره ‏مندى از هدایتها و راهبریهاى امامان در جامعه (در حد نصاب لازم) وجود ندارد. از این رو حكمت الهى اقتضا كرد كه پیشواى دوازدهم، غیبت اختیار كند. غیبت امام زمان (علیه السلام) از اموری است که عقل بشر به تنهایی از کشف همه ی اسرار آن ناتوان است و پیوسته مورد سۆال قرار گرفته و فکرها را مشغول نموده است; ولی باید توجّه داشت که بر اساس برخی روایات، علّت و فلسفه واقعی غیبت امام مهدی (علیه السلام) سرّی از اسرار الهی است که حکمت آن بر بندگان پوشیده است و جز خدا و امامان معصوم(علیهم السلام) کسی از آن اطلاع کافی و کامل ندارد و تنها بعد از ظهور آن حضرت این مطلب روشن خواهد شد. در روایات ما، در زمینه علل و اسباب غیبت، روى سه موضوع تكیه شده است: الف-آزمایش مردم چنانكه مى‏دانیم یكى از سنتهاى ثابت الهى، آزمایش بندگان و انتخاب صالحان و گزینش پاكان است. صحنه زندگى همواره صحنه آزمایش است تا بندگان از این راه در پرتو ایمان و صبر و تسلیم خویش در پیروى از اوامر خداوند تربیت ‏یافته و به كمال برسند و استعدادهاى نهفته آنان شكوفا گردد. در اثر غیبت‏ حضرت مهدى، مردم آزمایش مى‏شوند: گروهى كه ایمان استوارى ندارند، باطنشان ظاهر مى‏شود و دستخوش شك و تردید مى‏گردند و كسانى كه ایمان در اعماق قلبشان ریشه دوانده است، به سبب انتظار ظهور آن حضرت و ایستادگى در برابر شدائد، پخته ‏تر و شایسته ‏تر مى‏گردند و به درجات بلندى از اجر و پاداش الهى نائل مى‏گردند. امام موسى بن جعفر-علیه السلام-فرمود: هنگامى كه پنجمین فرزندم غایب شد، مواظب دین خود باشید، مبادا كسى شما را از دین خارج كند. او ناگزیر غیبتى خواهد داشت، به طورى كه گروهى از مۆمنان از عقیده خویش بر مى‏گردند. خداوند به وسیله غیبت، بندگان خویش را آزمایش ‏مى‏كند… (بحار الانوار،ج 51،ص 150) امتحان از سخنان پیشوایان اسلام بر مى‏آید كه آزمایش به وسیله غیبت‏ حضرت مهدى، از سخت ‏ترین آزمایشهاى الهى است. و این سختى از دو جهت است: 1ـ از جهت اصل غیبت، كه چون بسیار طولانى مى‏شود بسیارى از مردم دستخوش شك و تردید مى‏گردند. برخى در اصل تولد و برخى دیگر در دوام عمر آن حضرت شك مى‏كنند و جز افراد آزموده و مخلص و داراى شناخت عمیق، كسى بر ایمان و عقیده به امامت آن حضرت باقى نمى‏ماند. پیامبر اسلام صلى الله علیه و آله و سلم ضمن حدیث مفصلى مى‏فرماید: مهدى از دیده شیعیان و پیروانش غایب مى‏شود و جز كسانى كه خداوند دلهاى آنان را جهت ایمان، شایسته قرار داده، در اعتقاد به امامت او استوار نمى‏مانند. 2ـ از نظر سختی‌ها و فشارها و پیشامدهاى ناگوار كه در دوران غیبت رخ مى‏دهد و مردم را دگرگون مى‏سازد، به طورى كه حفظ ایمان و استقامت در دین، كارى سخت دشوار مى‏گردد و ایمان مردم در معرض مخاطرات شدید قرار مى‏گیرد. (آیت الله صافى،لطف الله،نوید امن و امان، ،ص 177 و 178) ب-حفظ جان امام خداوند، به وسیله غیبت، امام دوازدهم را از قتل حفظ كرده است، زیرا اگر آن حضرت از همان آغاز زندگى در میان مردم ظاهر مى‏شد، او را مى‏كشتند. بر این اساس اگر پیش از موعد مناسب نیز ظاهر شود، باز جان او به خطر مى‏افتد و به انجام ماموریت الهى و اهداف بلند اصلاحى خود موفق نمى‏گردد. «زراره‏»، یكى از یاران امام صادق-علیه السلام-مى‏گوید: امام صادق-علیه السلام- فرمود: امام منتظر، پیش از قیام خویش مدتى از چشمها غایب خواهد شد. عرض كردم: چرا؟ فرمود: بر جان خویش بیمناك خواهد بود. (صافى،منتخب الاثر،فصل 2،باب 28،ص 269) ج-آزادى از یوغ بیعت‏ با طاغوتهاى زمان پیشواى دوازدهم، هیچ رژیمى را، حتى از روى تقیه، به رسمیت نشناخته و نمى‏شناسد. او مامور به تقیه از هیچ حاكم و سلطانى نیست و تحت‏ حكومت و سلطنت هیچ ستمگرى در نیامده و در نخواهد آمد، چرا كه مطابق وظیفه خود عمل مى‏كند و دین خدا را به طور كامل و بى هیچ پرده پوشى و بیم و ملاحظه ‏اى اجرا مى‏كند. بنابراین جاى هیچ عهد و میثاق و بیعت‏ با كسى و مراعات و ملاحظه نسبت‏ به دیگران باقى نمى‏ماند. «حسن بن فضال‏» مى‏گوید: امام هشتم فرمود: گویى شیعیانم را مى‏بینم كه هنگام مرگ سومین فرزندم[امام حسن عسكرى] در جستجوى امام خود، همه جا را مى‏گردند اما او را نمى‏یابند. عرض كردم: چرا غایب مى‏شود؟ فرمود: براى اینكه وقتى با شمشیر قیام مى‏كند، بیعت كسى در گردن وى ‏نباشد. (كمال الدین،باب 44،ص 480،ح 4) و اما سخن آخر یاد آوری نکات مهم: در وقوع امر غیبت، امور زیادی از جمله عمل‌كردهای مردم بسیار مۆثر بوده است، لذا یكی از راه‌های مهم فراهم‌سازی زمینه‌ی ظهور، تجدیدنظر در اعمال و رفتارهای فردی و اجتماعی جامعة اسلامی است. هم‌چنین غیبت، هرگز به معنای عدم حضور امام (عج) در میان مردم نیست بلكه آن حضرت در بین مردم حضور دارد و ناظر اعمال و رفتارهای آن‌ها می‌باشد و از مشاهده اعمال نیك آنان خشنود و از دیدن ناراحتی‌ها و رفتارهای نامناسب آن‌ها متأثر می‌شود. در دوران غیبت گرفتاری‌های سخت و پیش‌آمدهای ناگوار زیادی متوجه مردم می‌شود كه همه‌ی آن‌ها باید امتحان الهی تلقی شود چرا كه خدا از این طریق افراد صالح و غیرصالح را از هم جدا خواهد ساخت. در دوره‌ی غیبت خطرات زیادی متوجه دین و اعتقادات مردم خواهد شد كه راه نجات از این پیش‌آمدهای مهلك پایبندی به احكام و مقررات دینی و تبعیت از رهنمودهای روشن‌گرانه‌ی اهل‌بیت (علیهم السلام) و رعایت تقوای الهی است.